•     Fungsi mengadili (judicial power), yakni menerima, memeriksa, mengadili dan menyelesaikan perkara-perkara yang menjadi kewenangan pengadilan dalam tingkat pertama. (Vide : pasal 49 Undang-undang Nomor 3 Tahun 2006). 

•     Fungsi pembinaan, yakni memberikan pengarahan, bimbingan, dan petunjuk kepada pejabat struktural dan fungsional di bawah jajarannya, baik menyangkut teknis yudicial, administrasi peradilan, maupun administrasi umum/perlengkapan, keuangan, kepegawaian, dan pembangunan.(Vide : Pasal 53 ayat (3) Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sebagaimana yang telah diubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan Undang-undang Nomor 50 Tahun 2009 jo KMA Nomor KMA/080/VIII/2006).

•     Fungsi pengawasan, yakni mengadakan pengawasan melekat atas pelaksanaan tugas dan tingkah laku Hakim, Panitera, Sekretaris, Panitera Pengganti, dan Jurusita/Jurusita Pengganti di bawah jajarannya agar peradilan diselenggarakan dengan seksama dan sewajarnya dan terhadap pelaksanaan administrasi umum kesekretariatan serta pembangunan. (Vide : Pasal 53 ayat (1) dan (2) Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sebagaimana yang telah diubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan Undang-undang Nomor 50 Tahun 2009 jo KMA Nomor KMA/080/VIII/2006).

•     Fungsi nasehat, yakni memberikan pertimbangan dan nasehat tentang hukum kepada instansi pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta. (Vide: Pasal 52 ayat (1) Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sebagaimana yang telah diubah dengan Undang-undang Nomor 3 tahun 2006 dan Undang-undang Nomor 50 Tahun 2009.

•  Fungsi administratif, yakni menyelenggarakan administrasi peradilan (teknis dan persidangan), dan administrasi umum (kepegawaian, keuangan, dan umum/perlengakapan). (Vide : KMA Nomor KMA/080/VIII/2006 tanggal 24 Agustus 2006 jo KMA Nomor KMA/145/SK/VII/2007 tanggal 29 Agustus 2007).

•    Fungsi Lainnya, yakni pelayanan penyuluhan hukum, pelayanan riset/penelitian dan sebagainya serta memberi akses yang seluas-luasnya bagi masyarakat  dalam era keterbukaan dan transparansi informasi peradilan, sepanjang diatur dalam Keputusan ketua Mahkamah Agung RI Nomor 1-144/KMA/SK/I/2011 tentang Pedoman Pelayanan Informasi di Pengadilan sebagai pengganti Surat Keputusan Mahkamah Agung RI Nomor 144/KMA/SK/VIII/2007 tentang Keterbukaan Informasi di Pengadilan.

 

• Memberikan pertimbangan dan saran kepada Kababinkum ABRI (sekarang Mahkamah Agung RI) mengenai hal-hal yang menyangkut bidang tugasnya.
• Mengkordinasikan, mengawasi dan memberikan pengarahan atas penyelengaraan fungsi-fungsi Pengadilan Militer.
• Menentukan kebijaksanaan dan mengambil keputusan dalam rangka memimpin Pengadilan Militer guna menjamin terselengaraanya fungsi utama Pengadilan Militer.
• Merencanakan, mempersiapkan dan mengatur penyelengaraan penyidangan perkara yang dilimpahkan kepada Pengadilan Militer.
• Mengatur pembagian pekerjaan antara Kadilmil,Waka Dilmil dan  para Kimmil sehingga dapat menjamin daya guna dan keseimbangan yang baik dalam  menyelenggarakan fungsi Pengadilan Militer.
• Mengawasi pelaksanaan permohonan banding, Grasi, Kasasi dan peninjauan kembali sesuai dengan peraturan Perundang-undangan.
• Melakukan pengawasan atas pelaksanaan Putusan Pengadilan Militer sebagai yang dimaksud dalam Pasal 33 Undang-undang No.14 Tahun 1970.

Pada Pengadilan Militer terdapat Kepaniteraan yang dipimpin oleh seorang Panitera,  dengan tugas pokok dan fungsi sebagai berikut:

a. PANITERA

• Pelaksanaan koordinasi, pembinaan dan pengawasan pelaksanaan tugas dalam pemberian dukungan di bidang teknis; 
• Pelaksananaan pengelolaan administrasi perkara pidana; 
• Pelaksananaan pengelolaan administrasi perkara, penyajian data perkara, dan transparansi perkara; 
• Pelaksanaan administrasi keuangan dalam program teknis dan keuangan perkara yang ditetapkan berdasarkan peraturan dan perundang-undangan, minutasi,  evaluasi dan administrasi kepaniteraan; 
• Pembinaan teknis kepaniteraan dan kejurusitaan; dan 
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Pengadilan Militer.

Panitera juga dibantu oleh 2 (dua) orang Panitera Muda, yang terdiri dari:

• Pelaksanaan pengumpulan, pengelolaan dan penyajian data perkara.
• Pelaksanaan penyajian statistik perkara.
• Pelaksanaan penyusunan dan pengiriman pelaporan perkara.
• Pelaksanaan penataan, penyimpanan dan pemeliharaan arsip perkara.
• Pelaksanaan kerja sama dengan arsip daerah untuk penitipan berkas perkara.
• Pelaksanaan penyiapan, pengelolaan dan penyajian bahan-bahan yang berkaitan dengan transparansi perkara.
• Pelaksanaan penghimpunan pengaduan dari masyarakat; dan 
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera.

• Pelaksanaan pembantu hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya persidangan.
• Pelaksanaan pengumpulan, pengelolaan dan penyajian data perkara;
• Pelaksanaan penyajian statistik perkara;
• Pelaksanaan penyusunan dan pengiriman pelaporan perkara;
• Pelaksanaan penataan, penyimpanan dan pemeliharaan arsip perkara;
• Pelaksanaan kerja sama dengan Arsip Daerah untuk penitipan berkas perkara,
• Pelaksanaan penyiapan, pengelolaan dan penyajian bahan-bahan yang berkaitan dengan transparansi perkara.
• Pelaksanaan penghimpunan pengaduan dari masyarakat, hubungan masyarakat dan;
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera.
  

b.2. Panitera Muda Pidana

• Pelaksanaan pemeriksaan kelengkapan berkas perkara.
• Pelaksanaan registrasi perkara.
• Pelaksanaan penyusunan rencana sidang, penetapan sidang dan penetapan hakim.
• Pelaksanaan distribusi perkara yang telah diregister untuk diteruskan kepada ketua majelis hakim.
• Pelaksanaan penghitungan, penyiapan dan pengiriman penetapan penahanan, perpanjangan penahanan dan penangguhan penahanan.
• Pelaksanaan penerimaan kembali berkas perkara yang sudah diputus dan diminutasi.
• Pelaksanaan pengiriman salinan putusan kepada Oditur Militer dan Terdakwa.
• Pelaksanaan pengiriman permohonan banding dengan dilampiri bendel a dan bendel b.
• Pelaksanaan penyimpanan berkas perkara yang belum mempunyai kekuatan hukum tetap.
• Pelaksanaan penyerahan berkas perkara yang sudah mempunyai kekuatan hukum tetap ke panitera muda hokum.
• Pelaksanaan urusan tata usaha kepaniteraan; dan 
• Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera.

• Pelaksanaan pembantu Hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya persidangan.
• Pelaksanaan pemeriksaan dan penelaahan kelengkapan berkas perkara pidana
• Pelaksanaan registrasi perkara pidana;
• Pelaksanaan penerimaan permohonan praperadilan dan pemberitahuan kepada termohon;
• Pelaksanaan distribusi perkara yang telah diregister untuk diteruskan kepada Ketua Majelis Hakim berdasarkan Penetapan Penunjukkan Majelis Hakim dari Kepala Pengadilan;
• Pelaksanaan penghitungan, penyiapan dan pengiriman penetapan penahanan, perpanjangan penahanan dan penangguhan penahanan;
• Pelaksanaan penerimaan permohonan ijin penggeledahan dan ijin penyitaan dari penyidik;
• Pelaksanaan penerimaan kembali berkas perkara yang sudah diputus dan diminutasi;
• Pelaksanaan pemberitahuan isi putusan tingkat pertama kepada para pihak yang tidak hadir;
• Pelaksanaan penyampaian pemberitahuan putusan tingkat banding, kasasi dan peninjauan kembali kepada para pihak;
• Pelaksanaan penerimaan dan pengiriman berkas perkara yang dimohonkan banding, kasasi dan peninjauan kembali;
• Pelaksanaan pengawasan terhadap pemberitahuan isi putusan upaya hukum kepada para pihak dan menyampaikan relas penyerahan isi putusan kepada Pengadilan Militer Tinggi dan Mahkamah Agung;

• Membantu hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya persidangan.
• Membantu hakim dalam hal membuat penetapan hari sidang, penetapan penahanan, penetapan sita jaminan, membuat berita acara persidangan yang harus selesai sebelum sidang berikutnya, mengetik putusan/penetapan sidang.
• Melaporkan kepada Panitera/Panitera Muda mengenai jalannya persidangan.
• Menyerahkan berkas perkara kepada Panitera Muda Hukum apabila telah selesai diminutasi.

• Pelaksanaan pembantu hakim dengan mengikuti dan mencatat jalannya persidangan.
• Pelaksana pembantu hakim dalam hal membuat penetapan hari sidang, penetapan penahanan, penetapan sita jaminan, membuat berita acara pesidangan yang harus selesai sebelum sidang berikutnya, mengetik putusan/penetapan sidang.
• Melapor kepada Panitera/Panitera Muda mengenai jalannya persidangan.
• Penyerah berkas perkara kepada Panitera Muda Hukum apabila telah selesai diminutasi.

• Penyiapan bahan pelaksanaan urusan perencanaan program dan anggaran.
• Pelaksanaan urusan kepegawaian.
• Pelaksanaan urusan keuangan.
• Penyiapan bahan pelaksanaan penataan organisasi dan tata laksana.
• Pelaksanaan pengelolaan teknologi informasi dan statistic.
• Pelaksanaan urusan surat menyurat, arsip, perlengkapan, rumah tangga, keamanan, keprotokolan, hubungan masyarakat, dan perpustakaan; dan 
• Penyiapan bahan pelaksanaan pemantauan, evaluasi dan dokumentasi serta pelaporan di lingkungan Kesekretariatan Pengadilan Militer Tipe A.

Sekretaris juga dibantu oleh 3 (tiga) orang Kepala Sub Bagian, yang terdiri dari:

b.1. Kepala Sub Bagian Perencanaan, Teknologi Informasi dan Pelaporan

• Melaksanakan penyiapan bahan pelaksanaan perencanaan.
• Melaksanakan penyiapan bahan pelaksanaan program, dan anggaran.
• Melaksanakan penyiapan bahan pelaksanaan pengelolaan teknologi informasi, dan statistic.
• Melaksanakan penyiapan bahan pelaksanaan serta pelaksanaan pemantauan, evaluasi dan dokumentasi serta pelaporan.

• Penelaahan data/informasi sebagai bahan penyusunan rencana kerja;
• Penelaahan data/informasi sebagai bahan perumusan kebijakan umum dan teknis operasional perencanaan satker;
• Pengumpulan dan penelaahan data/informasi untuk penyiapan bahan penyusunan perencanaan satker;
• Pengumpulan dan penelaahan data/informasi untuk penyiapan bahan perumusan kebijakan umum dan teknis bidang komunikasi dan informatika;
• Penyiapan data sebagai bahan monitoring dan evaluasi pelaksanaan rencana kerja satker;
• Penyiapan data/informasi sebagai bahan penyusunan pelaporan pelaksanaan rencana kerja satker;
• Penyiapan rumusan kebijakan teknologi informasi
• Pengendalian, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas sub bagian perencanaan, teknologi informasi, dan perencanaan.

b.2. Kepala Sub Bagian Kepegawaian, Organisasi dan Tata Laksana